RNA pulldown
- RNA团结918博天堂质
- 高迅速度
- 高度特异性
- 可定量剖析
效劳特色
金开瑞现提供RNA pull down检测手艺效劳 ，使用特异性二抗举行检测 ，能有用阻止抗体重链对效果的信号滋扰。并且金开瑞配套自己的质谱平台 ，能显著提升检测效果。
效劳先容
918博天堂质与RNA的相互作用是许多细胞功效的焦点 ，如918博天堂质合成、mRNA组装、病毒复制、细胞发育调控等。使用体外转录法标记生物素RNA探针 ，然后与胞浆918博天堂提取液孵育 ，形成RNA-918博天堂质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠团结 ，从而与孵育液中的其他因素疏散。复合物洗脱后 ，通过WB实验检测特定的RNA团结918博天堂是否与RNA相互作用。若待检测目的918博天堂明确 ，选择WB判断；若不明确 ，则可选择质谱判断。
效劳优势
- 高特异性：富集与特定RNA序列相互作用的918博天堂质 ，具有高度的特异性
- 高迅速度：能够检测低品貌的RNA团结918博天堂质 ，提供高迅速度的检测能力
- 普遍适用性：可用于研究种种RNA团结918博天堂质 ，包括转录因子、RNA团结918博天堂和翻译调控因子等
- 可定量剖析：通过引入外源标记或荧光标记的RNA探针 ，可以定量丈量RNA与918博天堂质的团结强度
- 团结应用：可与其他手艺相团结 ，如质谱剖析、918博天堂质组学要领和转录组学要领等 ，进一步深入研究RNA-918博天堂质相互作用的功效和调控网络
效劳流程
客户提供
RNA序列或者RNA序列构建的质粒（种属）
相同种属的细胞样品
最终交付
- 基因合成测序报告；
- 构建含目的基因的质粒、菌液 ，测序报告；
- 体外转录模版的sense&antisense引物、模版电泳图；
- RNA Pull down918博天堂SDS-PAGE银染；
- 质谱判断报告。
效劳说明
| 效劳名称 | 效劳内容 | 交付内容及标准 | 效劳周期(事情日) |
| RNA pull-down （体外转录法） |
基因合成 |
测序报告 | 详细评估 |
| 体外转录sense和antisense模板扩增 | 体外转录2次 | 20 | |
| sense和antisense体外转录并标记为探针 | 探针标记2次(sense、antisense各1次) | ||
| RNA pull-down富集 | 2次 | ||
| SDS-PAGE银染 | 跑胶3个泳道 | 4 | |
| 质谱判断互作918博天堂 | 质谱判断sense、antisense | 10-15 | |
| RNA pull-down （探针法拉918博天堂） |
QPCR检测本 底表达 探针设计及合成 (包括比照) |
样本和内参各1次 circRNA探针-biotin/lncRNA探针-biotin/通俗比照探针 |
24 |
| RNA探针富集效果检测 | 实验探针和比照探针各1次 | ||
| RNA pull-down富集 | 实验探针和比照探针各1次 | ||
| SDS-PAGE银染 | 跑胶3个泳道 | 4 | |
| 质谱判断互作918博天堂 | 质谱判断比照组和实验组各1次 | 10-15 | |
| RNA pull-down (探针法拉miRNA) |
QPCR检测本 |
样本和内参各1次 | 28 |
| 底表达 | |||
| 探针设计及合成 | circRNA探针-biotin/lncRNA探针-biotin/比照探针 | ||
| RNA探针富集效果检测 | 实验探针和比照探针各1次 | ||
| RNA pull-down富集 互作的918博天堂/miRNA | 实验探针和比照探针各1次 | ||
| RNA和miRNA/lncRNA 逆转录及检测 | QPCR检测(input、探针组、比照组) |
案例展示
常见问题与剖析 (Q&A)
RNA pull down使用体外转录法标记生物素RNA探针 ，然后与胞浆918博天堂提取液孵育 ，形成RNA-918博天堂质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠团结 ，从而与孵育液中的其他因素疏散。复合物洗脱后 ，通过western blot实验检测特定的RNA团结918博天堂是否与RNA相互作用。 918博天堂质与RNA的相互作用是许多细胞功效的焦点 ，如918博天堂质合成、mRNA组装、病毒复制、细胞发育调控等。若待检测目的918博天堂明确 ，选择Western blot判断；若不明确 ，则可选择质谱判断。
LncRNA的富集大致上有三种要领: (1)探针法：针对该LncRNA的序列 ，设计生物素标记的探针。此种要领最要害的是探针的特异性 ，以是最好用Northern Blot检测探针的特异性。 可以团结内源的LncRNA是探针法的最大优势。弱点就是较量贵 ，需要的样品量大。 (2)生物素标记法：在LncRNA的5‘端加上T7启动子 ，使用体外转录试剂盒 ，可以制备大宗的LncRNA。再通过生物素标记试剂盒 ，就能获得大宗的生物素标记的LncRNA。常用的折叠的要领退火 ，从95℃退火到4℃ ，约莫30秒一度就可以了。 (3)TRSA法：除了生物素 ，链霉亲和素还可以识别TRSA结构 ，因此在LncRNA的一端加上TRSA序列也是不错的选择。
可以 ，条件是circRNA在细胞中表达品貌要高。
有 ，探针法和生物素标记法的比照都是响应的反义序列：探针的反义序列以及长非编码RNA的反义序列。TRSA法的比照是TRSA序列自己。
相关资源
1、RNA pull-down的实验办法
● 设计和合成RNA探针：凭证目的RNA序列的特定区域设计和合成RNA探针 ，通常使用化学修饰或放射性标记来标记RNA探针。
● 准备RNA团结反应系统：将RNA探针与细胞提取物、组织提取物或体外合成的918博天堂质混淆 ，形成RNA-918博天堂质复合物的反应系统？梢蕴砑邮实钡幕撼逡汉透ㄖ镏世次址从μ跫和增添特异性。
● 举行RNA pulldown：将RNA探针与固相质料（如琼脂糖珠子或磁珠）团结 ，通过亲和吸附的方法富集目的RNA-918博天堂质复合物？梢允褂美胄墓堋⑽⒘抗芑蚬滔嗵崛≈炔畋鹦问降母患柿。
● 洗涤和纯化：对富集的RNA-918博天堂质复合物举行洗涤 ，以去除非特异性团结的918博天堂质和其他杂质？梢允褂檬实钡南吹踊撼逡豪词迪盅≡裥缘南吹影旆。
● 918博天堂质判断和剖析：对富集的RNA-918博天堂质复合物举行918博天堂质判断和剖析 ，常用的要领包括质谱剖析（如质谱判断或定量918博天堂质组学） ，Western blotting等。这些剖析要领可以资助判断和定量与目的RNA相互作用的918博天堂质。
2、RNA pull-down应用场景
● 判断RNA团结918博天堂质：用于筛选和判断与特定RNA序列团结的918博天堂质 ，展现RNA的团结朋侪和调控网络。
● 研究RNA团结918博天堂质的功效：通过RNA pull-down实验 ，可以评估RNA团结918博天堂质的功效 ，包括转录调控、RNA稳固性和翻译调控等。
● 研究RNA修饰修饰酶：可以用于判断与特定RNA修饰酶相互作用的918博天堂质 ，相识RNA修饰的机制和调控。
● 探索RNA与疾病相关918博天堂质的相互作用：通过RNA pull-down实验 ，可以展现RNA与疾病相关918博天堂质的相互作用 ，并深入相识其在疾病爆发和希望中的作用。
3、研究RNA-918博天堂质相互作用的几种常用手艺简介、优势和适用规模
| 手艺 |
简介 |
优势 | 适用规模 |
| RNA pull-down |
RNA pull-down手艺用于研究RNA与与其相互作用的918博天堂质之间的相互作用。该手艺使用RNA的特异性团结能力 ，通过将RNA靶点牢靠在固相支持上 ，然后与细胞提取物或纯化的918博天堂质混淆 ，通过共沉淀实验检测RNA-918博天堂质的相互作用。 |
- 可以直接检测RNA与918博天堂质之间的相互作用。 | - 研究RNA与918博天堂质之间的相互作用。 |
| - 可以筛选和判断与特定RNA相互作用的918博天堂质。 | - 展现RNA在基因调控和细胞功效中的作用。 | ||
| - 可以展现RNA在基因调控和细胞功效中的作用。 | - 研究RNA加入的信号通路和疾病机制。 | ||
|
- 可以与其他手艺相团结 ，如质谱剖析和转录组学要领 ，进一步研究RNA-918博天堂质相互作用的功效和调控网络。 |
|||
| CLIP-seq |
CLIP-seq手艺（Cross-linking and immunoprecipitation followedby high-throughput sequencing）用于判断RNA与与其相互作用的918博天堂质之间的团结位点。该手艺团结了RNA与918博天堂质的共价交联和免疫共沉淀 ，通过高通量测序剖析交联后的RNA和团结918博天堂质 ，判断它们的相互作用位点。 |
- 可以判断RNA与特定918博天堂质之间的团结位点。 | - 判断RNA与918博天堂质之间的团结位点和相互作用模式。 |
| - 可以全基因组规模内剖析RNA-918博天堂质相互作用的模式和特征。 | - 展现RNA加入的调控网络和疾病机制。 | ||
| - 可以展现RNA加入的调控网络和疾病机制。 | - 研究RNA加入的信号传导和细胞功效。 | ||
|
- 可以提供高区分率的RNA-918博天堂质相互作用图谱。 |
|||
| RNAi |
RNA滋扰（RNA interference ，RNAi）是一种通过引入特定的小分子RNA（siRNA或shRNA）来抑制特定基因表达的手艺。该手艺可以靶向特定的RNA序列 ，并降低或抑制目的基因的表达。 |
- 可以高度特异性地抑制目的基因的表达。 | - 研究基因功效和基因调控。 |
| - 可以举行基因功效研究、基因默然和表达调控的实验。 | - 高通量筛选和功效验证。 | ||
| - 可以在细胞和整个生物体中举行基因敲除或敲下实验。 | - 研究信号传导和疾病机制。 | ||
|
- 可以研究基因调控、信号通路和疾病爆发气制。 |
|||
| RIP |
RIP（RNA Immunoprecipitation）手艺用于研究RNA与与其相互作用的918博天堂质之间的相互作用。该手艺通过使用抗体特异性地免疫共沉淀RNA与其团结的918博天堂质 ，从而判断和剖析RNA-918博天堂质复合物。 |
- 可以判断RNA与特定918博天堂质之间的相互作用。 | - 研究RNA与918博天堂质之间的相互作用。 |
| - 可以研究RNA加入的转录调控、翻译调控和RNA稳固性等历程。 | - 展现RNA加入的转录调控和翻译调控历程。 | ||
| - 可以展现RNA-918博天堂质相互作用在细胞功效和疾病爆发中的作用。 | - 研究RNA-918博天堂质相互作用在细胞功效和疾病爆发中的作用。 | ||
|
- 可以与高通量测序等手艺相团结 ，获得全基因组规模内的RNA-918博天堂质相互作用图谱。 |
