ChIP-seq
- 三次质控
- 自用抗体平台
- 项目履历富厚
效劳特色
ChIP-seq是现在最成熟的918博天堂质与DNA互作研究要领，金开瑞自有抗体平台、检测剖析平台，前后三次质控，可最大限度的包管实验效果率。
效劳先容
ChIP-seq（Chromatin ImmunoPrecipitation Sequencing）是染色质免疫共沉淀和第二代高通量测序手艺的团结，通过组918博天堂/转录因子的特异性抗体，将特定的918博天堂与DNA复合物沉淀下来。从而获取团结的DNA片断，再通过高通量测序手艺，即可获得响应的片断信息。
效劳优势
- 项现在后三次质控，包管实验乐成率 ；
- 金开瑞自有抗体生产团队，选择抗体履历富厚 ；
- 细胞、植物、动物都有大宗履历。
效劳流程
客户提供
凭证《武汉金开瑞表观项目送样指南》提供实验的样品，并提供ChIP级别抗体（公司可以提供选购意见）。
样品信息单：需详细填写样品泉源、含量、状态及其他基本信息。
最终交付
- 项目报告与数据：
- 测序数据质量评估：过滤掉低质量数据，包管数据质量
- 与参考基因组比对：reads漫衍及比对效果可视化
- peak峰calling：剖析918博天堂团结位点
- motif剖析：918博天堂团结序列的偏好性
- peak峰相关基因注释：寻找918博天堂潜在调控基因
- 差别peak剖析：剖析差别样本间差别peak峰
- 相关基因功效剖析：相关基因GO, KEGG富集剖析
效劳说明
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产品 |
测序数据量 |
平台 |
周期（自然日，提取+测序剖析） |
备注 |
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组918博天堂ChIP-seq |
8G |
illumina |
45 |
需要组间较量时，每组至少两个生物学重复，每个样本会举行ChIP和Input测序 |
|
转录因子ChIP-seq |
6G |
illumina |
45 |
需要组间较量时，每组至少两个生物学重复，每个样本会举行ChIP和Input测序 |
案例展示
常见问题与剖析 (Q&A)
通常是≥10ng。随着现在建库手艺的一直完善，低至5ng的DNA量也能被建库乐成 ；少数测序公司为了降低自身危害提出20ng的要求，通过可以协商降低该送样要求。尤其是一些转录因子，最终能够捕获的DNA量会很低。
通常是≥10ng。随着现在建库手艺的一直完善，低至5ng的DNA量也能被建库乐成 ；少数测序公司为了降低自身危害提出20ng的要求，通过可以协商降低该送样要求。尤其是一些转录因子，最终能够捕获的DNA量会很低。
相关资源
1、ChIP-seq手艺的实验办法：
● 交联与裂解：交联细胞或组织中918博天堂质与DNA的相互作用，然后裂解细胞核，释放染色质。
● 免疫沉淀：使用特定抗体对目的918博天堂质举行免疫沉淀，富集与该918博天堂质团结的染色质片断。
● 反交联与DNA纯化：扫除交联，将富集的染色质片断纯化出来。
● 文库构建：对富集的DNA片断举行文库构建，将其转化为可测序的DNA文库。
● 高通量测序：对构建好的DNA文库举行高通量测序，爆发数百万个短的DNA序列读数。
● 数据剖析：将测序数据举行比对，将序列读数映射到参考基因组上，并凭证比对效果寻找与特定918博天堂质团结的染色质区域。
2、ChIP-seq手艺在基因组学研究中有着普遍的应用，包括但不限于：
● 转录因子团结位点判断：ChIP-seq可以资助判断转录因子与基因组上的团结位点，展现转录因子对基因调控的作用。
● 组918博天堂修饰剖析：ChIP-seq可以用于检测差别组918博天堂修饰在基因组上的漫衍，如甲基化、乙 ；，展现染色质状态和基因表达的调控。
● 基因调控网络研究：ChIP-seq可以资助构建基因调控网络，找出转录因子和其他调控因子与靶基因的相互作用关系。
● 疾病研究：ChIP-seq可以用于研究特定918博天堂质在疾病爆发和生长中的作用，如癌症等。
● 药物靶点发明：ChIP-seq可以资助判断新的药物靶点，为药物研发提供新的目的。
3、ChIP-seq数据库资源和网站：
● ENCODE ChIP-seq Data Portal:
ENCODE是一个主要的国际相助项目，其ChIP-seq Data Portal提供了大宗的ChIP-seq数据和相关的实验信息。用户可以通过该网站获取差别细胞类型和条件下的ChIP-seq数据。（encodeproject.org/data-standards/chip-seq/）
● GEO - Gene Expression Omnibus:
GEO是一个公共数据库，提供了许多ChIP-seq数据集，包括原始的测序数据和已经剖析过的效果？梢酝üΥ仕阉骰蜾朗菁椿袢「行巳さ腃hIP-seq数据。（ncbi.nlm.nih.gov/geo/）
● ChIP-Atlas:
ChIP-Atlas是一个综合性的ChIP-seq数据库，提供了普遍的ChIP-seq数据集和相关的元数据信息。它支持ChIP-seq数据的交互式可视化和数据下载。（chip-atlas.org）
● Cistrome Data Browser:
Cistrome Data Browser是一个基因组调控数据的综合性数据库，包括ChIP-seq数据和相关的基因表达数据，可以用于基因调控网络的研究。（cistrome.org/db/#/）
● UCSC Genome Browser:
UCSC Genome Browser是一个普遍使用的基因组浏览器，它提供了许多果真共享的ChIP-seq数据集，并且可以与其他组学数据举行整合展示。（genome.ucsc.edu/）
● ChIPseeker:
ChIPseeker是一个R包，用于ChIP-seq数据的注释和可视化，可以资助研究者诠释和剖析ChIP-seq效果。（bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ChIPseeker.html）
