CUT&TAG
- 耗时短
- 信噪比高
- 高空间区分率
- 高迅速度
- 低样本需求
效劳特色
团结了ChIP-seq的优点和基于Tn5转座酶的tagmentation?法，能够快速、?效地判断染?质上蛋?质的团结位点。相较于古板的ChIP-seq手艺，Cut&Tag具有更快的实验速率、更?的区分率和更低的细胞输?要求。
效劳先容
CUT&Tag（CleavageUnderTargetsandTagmentation)，即靶向剪切及转座酶手艺，是?种利?酶锚定手艺举行高效、?区分率的DNA测序?库构建要领，也是替换古板的ChIP-Seq?以研究918博天堂质-基因组互作关系研究的新?法，属于新?代超微量ChIPSeq手艺 ？捎糜诩觳庾918博天堂、RNApolymeraseII和转录因?等具有DNA团结功效的918博天堂种类，对表观遗传学、肿瘤和干细胞等领域的研究具有主要意义。
CUT&Tag（Cleavage Under Target & Tagmentation）手艺是一种研究918博天堂质-DNA互作的新要领，它与ChIP-seq研究目的相同，在建库细胞量、信噪比、样本重复性等都有优势。
CUT&Tag 要领中用到了预装讨论 DNA 并与918博天堂 A/G 融合的超高活性 Tn5 转座酶。这种融合918博天堂能与一抗团结，在抗体周围切割 DNA，并插入带有讨论序列的短标签＝幽杀昵┗ DNA 片断后，使用引物识别添加的标签中的序枚举行 PCR 扩增，以天生测序文库。
原理简介：
在抗体指导下，ChiTag酶仅在目的组918博天堂修饰标记、转录因子、染色质调控918博天堂团结染色质的局部举行目的 DNA的?段化的同时添加测序讨论，并释放到细胞外，而绝?部分无关的染色质还留在细胞核内，因而整个实验的信噪比大幅提?，同时简化了实验办法。该要领可?管式?通量应?，并可与单细胞测序平台「?缝」团结。ChiTag酶在打断基因组的同时加上讨论，不需要繁琐的补平加 A加讨论，在?天内可以完成从细胞到测序?库制备全流程。
效劳优势
- 低样本需求：细胞起始量较低(单细胞-5^105 )，从百万级降低到单细胞?平；
- 高重复性：CUT&Tag要领具有较高的重复性，可在相同样本中获得一致的效果；
- 高信噪比：相比古板的染色质免疫沉淀（ChIP）要领，CUT&Tag要领信噪较量高，镌汰非特异性团结和配景噪音；
- 流程轻盈：无需甲醛交联、细胞破碎和超声片断化DNA等办法，简化实验操作流程；
- 简化的文库构建：通过添加“讨论”到转座子上，只需举行简朴的PCR扩增即可获得高质量的NGS文库；
- 较低的测序深度：相较于ChIP要领，CUT&Tag要领在坚持高质量效果的同时，测序深度镌汰10倍左右，节约测序本钱。
效劳流程
客户提供
1、细胞量：离心后肉眼可见显着细胞量（约10^6）即可举行CUT&TAG，足量细胞加冻存液后用冻存管装，干冰寄送，若要做WB 验证，细胞量需多一倍。
2、抗体需为ChIP级别抗体：抗体≥30ul抗体/次（分装管需要提供抗体说明书或品牌货号）
3、我司提供ChIP级标签抗体种类及价钱请私聊确认
最终交付
- 结题报告以及所有原始数据。
- 测序数据质量评估：过滤掉低质量数据，包管数据质量
- 与参考基因组比对：reads漫衍及比对效果可视化
- peak峰calling：剖析918博天堂团结位点
- motif剖析：918博天堂团结序列的偏好性
- peak峰相关基因注释：寻找918博天堂潜在调控基因
- 差别peak剖析：剖析差别样本间差别peak峰
- 相关基因功效剖析：相关基因GO, KEGG富集剖析
效劳说明
案例剖析
1、Yy1；び肜┱苟嗄苄韵喙氐亩辔砉垡糯肮
具有形成胚胎和胚胎外谱系的潜?的胚胎?细胞（ESCs）称为扩展多能?细胞（EPSCs）。2022年研究?员运?CUT&TAG、ATAC-seq、Hi-C等手艺探讨EPSC多维度表观调控机制。效果批注，转录因?Yy1与EPSC中特定的开放染?质区域团结。Yy1缺失导致DNA低甲基化，并通过增进CCCTC团结因?(CTCF)介导的围绕其基因座的EP相互作?的形成，上调Kdm5c和Hdac6的表达，从?显著降低H3K4me3和H3K27ac在EPSC特异性基因启动?上的富集。
?献：
Xiaotao Dong and others, YY1 safeguard multidimensional epigenetic landscape associated with extended pluripotency, Nucleic Acids Research, Volume 50, Issue 21, 28 November 2022, Pages 12019–12038, https://doi.org/10.1093/nar/gkac230
2、表观遗传阅读器SP140功效损失导致克罗恩病
黑点蛋?140(SP140)是?种免疫受限的植物同源结构域和含有溴化域的表观遗传“阅读器”，SP140功效缺失突变与克罗恩病相关。在2022年?项研究中，证实晰SP140的保存会抑制康健细胞中的拓扑异构酶活性从?镌汰TOP与染?质的团结。?SP140的缺失导致TOP活性释放，最终导致了巨噬细胞基因表达和对细菌的陕作?缺陷，从?造成了肠道的异常。?
章还强调了突变位点可能是潜在治疗靶点。
?献：
Amatullah H, Fraschilla I, Digumarthi S, et al. Epigenetic reader SP140 loss of
function drives Crohn's disease due to uncontrolled macrophage topoisomerases.Cell.2022;185(17):3232-3247.e18.doi:10.1016/j.cell.2022.06.048
相关手艺效劳
| ? 酵母单杂交 | ? EMSA | ? DNA pull-down |
| ? GST pull-down | ? CO-IP | ? ChIP-qPCR |
| ? RNA pull-down | ? RIP-qPCR | ? 酵母双杂交 |
| ? 双荧光素酶报告系统 | ||
相关资源
1、CUT&Tag与ChIP-Seq区别较量
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CUT&Tag |
ChlP-Seq |
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1、细胞渗透性处置惩罚 |
1、甲醛交联处置惩罚细胞 |
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2、一抗进入细胞，与目的918博天堂团结，二抗进入细胞，与一抗团结 |
2、细胞破碎，网络裂解液 |
| 3、pA-Tn5转座体进入细胞，与抗体团结 | 3、超声打断基因组DNA |
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4、加入Mg2+激活转座体，片断化目的918博天堂局部DNA |
4、加入一抗和Protein A磁珠，举行免疫沉淀 |
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5、提取DNA, PCR,文库构建完成 |
5、洗脱，解交联 |
| 6、高通量测序 | 6、DNA补平，加A，加讨论 |
| 7、PCR，文库构建完成 | |
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8、高通量测序 |
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参数 |
ChIP-Seq | CUT&Tag |
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甲醛交联 |
是 | 否 |
|
超声破碎 |
是 | 否 |
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获取片断化DNA要领 |
超声打断 | 使用Tn5转座酶 |
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细胞起始量 |
10-107 | 单细胞-5105 |
| 测序深度 | 20-50M reads | 3-5 M reads（低品貌靶点可实验增添） |
| 是否需要完整的建库流程 | 需要 |
不需要 |
|
(T5可直接在DNA片断两喘加测序讨论，一次PCR增即可) |
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完成时间 |
≤1周 | 1-2天 |
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二抗 |
通例不使用 | 使用 |
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细胞核提取 |
需要 | 非必需 |
ChIP-Seq的劣势：?先，ChIP需要较多的细胞量，免疫共沉淀需要?够的靶标蛋?，?靶标蛋?有限的情形下就需要提供?量的细胞；其次，信噪?低，许多转录因?和染?体的团结相对松散，需要甲醛强交联，以防?后续洗涤历程破损这些团结，这样导致许多?特异性信号，需要更?的数据量获得真实peak值；别的，实验的打断条件、重复性差等都需要系统的探索才华获得较好的效果。这些因素综合起来导致ChIP对新??常不友好，需要采购特定的装备、很?时间的预实验才华获得知足的效果。CUT&Tag手艺，它免去了甲醛交联、超声破碎和免疫共沉淀的历程，这样既节约了初始实验质料?提?了信噪?、提升了实验可重复性。
2、为获得更周全的信息，CUT&Tag要领常与哪些手艺联用 ？
● RNA-seq：将CUT&Tag与RNA-seq手艺联用可以同时研究DNA团结918博天堂与基因表达之间的关系。通过团结CUT&Tag获得的DNA团结918博天堂的团结位点信息和RNA-seq剖析的转录组数据，可以展现特定DNA团结918博天堂在基因调控中的作用，识别靶基因以及相关的调控网络。
● 918博天堂质质谱（Proteomics）：CUT&Tag要领可以与918博天堂质质谱手艺联用，以判断和定量与DNA团结918博天堂相互作用的918博天堂质。通过将CUT&Tag中所使用的特定抗体用于免疫沉淀，然后将沉淀的918博天堂质举行质谱剖析，可以判断与目的918博天堂质相互作用的其他918博天堂质，从而洞察918博天堂质复合物的组成和功效。
● DNA甲基化剖析：将CUT&Tag要领与DNA甲基化剖析手艺联用，可以研究DNA团结918博天堂与DNA甲基化之间的相互关系。通过CUT&Tag剖析获得的DNA团结918博天堂的团结位点信息，团结DNA甲基化特异性的测序手艺（如BS-seq或MeDIP-seq），可以探索DNA甲基化与918博天堂质团结的调控机制以及其在表观遗传学中的作用。
● 转录因子918博天堂-918博天堂相互作用剖析：CUT&Tag要领与918博天堂质-918博天堂质相互作用剖析手艺（如918博天堂质质谱和免疫共沉淀）联用，可以研究转录因子918博天堂与其他918博天堂质之间的相互作用。通太过析918博天堂质复合物的组成和动态转变，可以展现转录因子918博天堂在基因调控网络中的作用和调控机制。
这些联用手艺可以提供更周全和深入的信息，资助研究职员更好地明确DNA团结918博天堂与染色质相互作用的重大性。同时，团结差别的手艺还可以验证和相互印证研究效果。
3、CUT&Tag要领的应用
● 基因调控研究：CUT&Tag要领可以展现DNA团结918博天堂在基因调控中的作用。通过识别DNA团结918博天堂的团结位点和判断靶基因，可以相识特定转录因子918博天堂的调控网络，从而深入研究基因的表达调控机制。
● 表观遗传学研究：CUT&Tag要领可以用于研究DNA团结918博天堂与染色质上的表观遗传修饰（如DNA甲基化和组918博天堂修饰）之间的相互作用。通过与DNA甲基化剖析或组918博天堂修饰剖析的联用，可以展现表观遗传修饰与DNA团结918博天堂的协同调控作用，进一步相识表观遗传学调控对基因表达和细胞运气的影响。
● 染色质结构研究：CUT&Tag要领与染色质构象捕获（Hi-C）手艺团结，可以探索染色质的三维结构。通过识别DNA团结918博天堂的团结位点和染色质相互作用的区域，可以重修染色质的亚结构和互作网络，研究染色质的空间组织和基因调控机制。
● 细胞类型和发育历程的研究：CUT&Tag要领可以用于研究差别细胞类型和发育阶段的基因调控差别。通太过析DNA团结918博天堂的团结位点和靶基因的表达模式，可以展现差别细胞类型之间的转录因子调控网络差别和发育历程中的基因调控动态。
● 疾病研究：CUT&Tag要领在疾病研究中也有主要应用。通过较量疾病样本与正常样本中DNA团结918博天堂的团结位点和基因表达的转变，可以判断与疾病相关的调控元件和靶基因，深入相识疾病的爆发气制和治疗靶点。
总的来说，CUT&Tag要领在基因调控、表观遗传学和染色质三维结构等领域的应用很是普遍。它提供了高空间区分率的DNA团结918博天堂团结位点信息，资助研究职员深入明确基因调控、表观遗传学和染色质组织等主要生物学历程。通过CUT&Tag要领，研究职员能够展现基因调控网络、表观遗传修饰与DNA团结918博天堂的相互作用以及染色质的三维结构。这些研究关于明确细胞发育、疾病爆发气制以及开发新的治疗战略具有主要意义。
